Die Molukken bieten sowohl anspruchsvolles Tauchen für ambitionierte Taucher als auch für weniger erfahrene Taucher ein breites Spektrum an Tauchplätzen. Vor allem Makro- und Critter-Liebhaber kommen im Süden der Molukken - entlang der Insel Ambon voll auf ihre Kosten.
Ambon ist der Fundort und Namensgeber einiger endemischer Fischarten wie dem Ambon-Skorpionfisch oder dem Ambon-Fahnenbarsch. Ebenso bieten die Molukken eine große Vielfalt an mit Hart- und Weichkorallen, Gorgonien, Wäldern von Peitschenkorallen und zarten Feuerkorallen bewachsenen Steilwänden sowie Tauchplätze mit großen Schwämmen. Die nördlichen Molukken um Halmahera sind unter Tauchern weniger bekannt und touristisch noch wenig erschlossen. Gerade in den Gewässern der Nord-Molukken begegnet man noch zahlreichen großen Fischschulen von Büffelkopfmakrelen, Barakudas und Füsilieren, ebenso wie Napoleons, Skorpionfische und Oktopussen.
Tauchen im Norden ist vor allem für Großfischfans ein absolutes Highlight. An abgelegenen wenig betauchten Spots hat man gute Chancen auf eine Begegnung mit Mantas, Haie und Stachelrochen. Tauchen in der kürzlich entdeckenden Manta Bay bei Halmahera gehört zu jeder Nord-Molukken Safari.